Akatsuki
Fue en sus comienzos, una organización que buscaba encontrar la paz atraves de medios pacíficos fundada y liderada por Yahiko, esa organización estaba molestando a los altas cúpulas de la aldea, y eso proporciono la muerte de Yahiko, es ahí que quien asume el liderazgo de Akatsuki es Nagato cambiando los métodos de la organización pero no el objetivo dejaron de ser una organización pacifica a ser una que desea dominar el mundo. Su plan era juntar lo nueves biju y manejarlos a su voluntad, para asi entonces empezar a crear guerras para así ganar una reputación y convenciendo a todos los países a depender de ellos, por lo que serían el único mercado del mundo podrían conquistar los otros países. Ese era el objetivo que quería Nagato (Pain), pero por detrás de ellos estaban siendo usados por Tobi (Obito Uchija) que quería emplear de Madara Uchija, el Plan ojo de luna que consiste en juntar los 9 biju, para así poder liberar a Jubi, y convertirse en jinchuriki de Jubi para así poder usar un Tsukiyomi infinito en la luna para poner a todos dentro de un genjutsu para poder controlar el mundo.
Miembros
Nagato
Fue un estudiante del Sanin Jiraiya. Tuvo el Rinnegan. Tuvo un encuentro con Tobi para crear la organización siendo el segundo líder después de Yahiko. Hanzō lo obligó a elegir entre matar a Yahiko o Konan muere. Usó todo su chakra para revivir a los habitantes de Konoha que habían muerto durante la invasión de Akatsuki en Konoha.
Itachi Uchija
Hermano mayor de Sasuke y poseedor del Mangekyo Sharingan. Debido a sus capacidades, fue infiltrado en la organización ANBU de Konoha como un doble espía. Después de masacrar al Clan Uchiha entero, se unió a Akatsuki donde su compañero asignado fue Kisame Hoshigaki, fue muerto por su hermano sasuke uchija.
Kisame Hoshigaki
Conocido como el Monstruo de la neblina, Era un ninja renegado de Kirigakure. Ex-miembro de los Siete Espadachines de la Niebla. Mató al señor feudal de su país y a sus camaradas de su aldea y se unió a Akatsuki cuando Tobi vio lo sucedido. Fue derrotado por Maito Gai. Decide sacrificarse al invocar a sus tiburones para que lo devoraran para evitar que Aoba Yamashiro leyera su mente y así poder ocultar los secretos de Akatsuki. Probablemente su anillo fue tragado por alguno de los tiburones que invoco.
Deidara
Fue el estudiante del Tercer Tsuchikage, miembro del Cuerpo de Explosivos. Su aldea prohibía sus capacidades artísticas, la Arcilla Explosiva, y por ello trabajó en el terrorismo de su país. Fue perseguido por Itachi, Kisame y Sasori por orden de su líder, se enfrenta a Itachi y pierde y se une a Akatsuki. Se suicidó al tratar de matar a Sasuke con una gran explosión, el C4.
Konan
Era la fiel amiga y compañera de Pain (Nagato) y Yahiko. Su maestro fue el Sannin Jiraiya. Fue la única mujer de la organización. Dejó la organización tras la muerte de Nagato por decisión propia, llevándose su anillo con ella. Más tarde lucha contra Tobi para defender los restos de Yahiko, Nagato y el Rinnegan, el cual intenta conseguir Tobi, en la cual es derrotada y asesinada por Tobi.
Tobi
Miembro del Clan Uchiha era el compañero de Kakashi Hatake y Rin y alumno de Minato Namikaze. Fue quien le dio a Kakashi su Sharingan izquierdo. Tras su "muerte" fue curado por Zetsu y Madara, el cual le incita a crear la organización. Actual poseedor de Mangekyo Sharingan (Ojo derecho), y el Rinnegan (Ojo izquierdo). En la batalla contra Killer Bee, Kakashi y Gai, Naruto lo ataca rompiendo la Máscara revelando que en realidad siempre fue (Obito Uchiha).
Hidan
Desterrado de su aldea. Era el segundo miembro más nuevo de Akatsuki. Fue derrotado por Shikamaru Nara. Aunque técnicamente vivo, está desmembrado y enterrado bajo tierra, incapaz de salir por sí mismo.
Sasori
Era nieto de Chiyo. Sus padres fueron asesinados por Sakumo Hatake, el padre de Kakashi. Después del asesinato del Tercer Kazekage y posterior secuestro del Quinto Kazekage abandonó su aldea y se unió a Akatsuki. Murió en una forma parecida a la escena en que las marionetas de sus padres lo abrazaban. Posiblemente no evitó el ataque por lo que aún sentía por Chiyo, siendo ésta quien lo cuidó cuando murieron sus padres.
Kakuzu
Fue un Ninja renegado de la Aldea Oculta de la Cascada. Castigo severamente injusto por su asesinato fallido del Primer Hokagedejo a un ninja de la aldea en coma. Mató a los ancianos de la aldea, tomo sus corazones con técnicas prohibidas más preciadas de la aldea y se unió a Akatsuki. Murió después de recibir el Futon: Rasen Shuriken de Naruto Uzumaki, destruyendo dos de sus corazones y luego, el Raikiri de Kakashi Hatake, rematándolo por completo.
